Lớp Hayabusa được thiết kế nhằm mục đích thay thế cho lớp tàu tên lửa cánh ngầm PG 1-go thế hệ trước được đánh giá là không thành công. Đã có 3 tàu PG-1 go được đóng mới trong giai đoạn 1993 - 1995. Tuy nhiên ngay sau khi đi vào hoạt động, hạn chế ở khả năng đi biển và phạm vi hoạt động ngắn khi chạy với tốc độ trung bình của tàu trở nên rõ ràng. Chính vì vậy, đã không có thêm một tàu nào thuộc lớp này được đóng mới và Hayabusa được phát triển để sửa chữa các vấn đề trên.

Sau khi một sự cố xảy ra ngoài khơi bán đảo Noto liên quan đến tàu gián điệp Bắc Tiều Tiên, ngân sách đóng 2 tàu tuần tra lớp Hayabusa đã được Chính phủ Nhật phê duyệt trong năm tài chính 1999. Chương trình đóng mới tàu tuần tra lớp Hayabusa được thực hiện bởi Nhà máy đóng tàu Shimonoseki của MHI. Chi phí đóng mới là 9,4 tỷ Yên cho mỗi tàu (theo tỷ giá năm 2001).

Thân tàu chiến lớp Hayabusa dùng kiểu thiết kế vỏ đơn, dài và hẹp có đáy chữ V cho phép đạt tốc độ cao và cải thiện sự ổn định ở tốc độ lớn. Thân tàu cũng được tối ưu cho khả năng tàng hình, ngoài ra bề mặt tàu được phủ một lớp sơn đặc biệt có khả năng hấp thu sóng điện từ. Cấu trúc thượng tầng của tàu được làm bằng hợp kim nhôm, gia cố thêm nhựa thủy tinh để làm giảm khối lượng. Bên trong tàu được ốp thêm 1 lốp vách làm bằng vật liệu composite chống cháy. Một cuộc thử nghiệm khả năng chống đạn của loại vách composite này đã được tiến hành bởi Phòng thí nghiệm Tsuchiura của Viện Nghiên cứu và Phát triển kỹ thuật Nhật Bản (TRDI).

Tất cả các ghế ngồi trên tàu, bao gồm cả ở buồng lái và phòng động cơ, đều được trang bị dây đai an toàn và bộ giảm sóc. Khu vực phòng của sĩ quan được thiết kế riêng biệt với khu sinh hoạt của thủy thủ đoàn, các giường ngủ dành cho thủy thủ được lắp đặt dạng tầng nhằm tiết kiệm không gian. Ngoài ra, còn có một phòng chỉ huy chiến đấu (CIC) với diện tích khoảng 6 tấm chiếu tatami nằm liền kề phòng của sĩ quan, bên trong CIC còn có một phòng ăn nhỏ, nhưng thực tế nó thường được sử dụng làm phòng ở của các lính biệt kích hải quân thuộc Phân đội SBU đi theo tàu. Ở phía sau phòng ăn là một phòng bếp, được trang bị 1 lò vi sóng và 1 bếp điện từ, về cơ bản bữa ăn trong các chuyến hải trình thường là khẩu phần ăn dã chiến MRE.

Lớp Hayabusa đóng vai trò như một vũ khí phản ứng nhanh, có thể xuất kích chớp nhoáng để phóng tên lửa vào mục tiêu, sau đó nhanh chóng rút lui. Đây được coi là lớp tàu chiến tí hon của Nhật Bản, chỉ dài 50,1 m, rộng 8,4 m, mớn nước 4,2m có lượng giãn nước đầy tải 240 tấn, kém xa những lớp tàu hộ vệ và khu trục hạng nặng trong biên chế JMSDF. Thủy thủ đoàn vận hành tàu 21 người.[1][2]